Die Fraunhofer-Gesellschaft und andere Firmen besitzen Softwarepatente auf Teilverfahren, die für MPEG-Codierung eingesetzt werden. Ein alles umfassendes MP3-Patent gibt es nicht. Die Fraunhofer-Gesellschaft hat den größten Teil an der Entwicklung des MP3-Standards beigetragen und sich einige Verfahren zur MP3-Codierung patentieren lassen. In einem Zusammenschluss mit Thomson besitzen beide Unternehmen 18 MP3-bezogene Patente. Seit September 1998, nachdem sich der MP3-Standard sechs Jahre lang unbelastet etablieren konnte, verlangt FhG/Thomson Lizenzgebühren für MP3-Encoder. Andere Firmen haben ebenfalls Patentansprüche auf das MP3-Verfahren, z. B. die Firma Sisvel, die im Auftrag von Philips handelt.

Infolgedessen mussten viele freie MP3-Projekte aufgegeben werden. Der Anspruch von FhG/Thomson, dass die Verwendung ihrer Patente zur MP3-Codierung unverzichtbar wären, konnte gegenüber LAME bisher gerichtlich nicht durchgesetzt werden. Die LAME-Entwickler konnten sich darauf berufen, den frei verfügbaren ISO-Quelltext gemäß der entsprechenden Lizenz zu verwenden, ein MP3-Technologie-unterstützendes Entwicklungsprojekt zu sein und kein fertiges Produkt anzubieten, sondern nur den Quellcode zu veröffentlichen. Dies bedeutet, dass diejenigen, die LAME-basierte Encoder zur Verfügung stellen, ebenfalls ein gewisses Risiko eingehen, indem sie ein fertiges Produkt verbreiten. FhG/Thomson müsste jedoch zuerst die Gültigkeit und Anwendbarkeit ihrer Patente nachweisen.